Głównym bohaterem gry Membrane Massacre jest zaraza, bardzo groźna dla ludzkości, która w błyskawicznym tempie rozprzestrzenia się na skalę światową. Jeszcze lepszym bohaterem w grze jest doktor Smallship, ponieważ to on wynalazł szczepionkę na obezwładniającą zarazę. Doktor nie cofnie się przed niczym, aby uratować świat. Ryzykując swoje życie zatapia się w organizm już zarażony i próbuje zwalczyć niebezpieczeństwo za pomocą szczepionki. Na szczęście, doktor w Membrane Massacre ma potrzebne wyposażenie, dzięki któremu jest mu łatwiej poruszać się po przestrzeniach w grze, a jest nim bardzo nowoczesny pojazd. Oprócz tego bohater może również korzystać ze sporej ilości broni, za pomocą której cały czas próbuje skutecznie rozprawić się z bakteriami, które nieubłaganie się rozmnażają. Za opisu wynika, że przejście gry Membrane Massacre nie jest skomplikowane, ale w rzeczywistości doktor na swojej drodze napotyka na masę zaskakujących sytuacji, z których trzeba wyjść zwycięsko, a to nie zawsze jest proste.